O MySQL foi criado por Michael Widenius na companhia suíça TcX. Por volta de 1979 Michael desenvolveu um Banco de Dados chamado UNIREG, sendo rescritos em várias linguagens desde então [YAR 99]. Em 1994, a empresa TcX começou o desenvolvimento de aplicações baseadas na Web, tendo como base o banco UNIREG, porém esse banco possuía muito "overhead" para obter sucesso em uma aplicação para geração de páginas dinâmicas na Web. Então a empresa TcX começou a procurar por outro banco o mSQL, uma ferramenta baseada em SQL mas com características pobres não possuindo por exemplo suporte a índices, e com desempenho inferior ao UNIREG.
Foi então que o desenvolvedor do banco UNIREG contatou o David Hughes criador do mSQL, para saber do interesse dele em unir os dois bancos. Sendo positivo o interesse de David, a empresa TcX resolveu desenvolver um novo banco, mas mantendo ao máximo a compatibilidade com mSQL. TcX foi esperta o suficiente para não reinventar o que já estava bem feito, ela construiu seu servidor baseado na estrutura que já estava montada do UNIREG e utilizou grande número de utilitários escritas para mSQL e fez API's para o novo servidor praticamente iguais ao mSQL. Como resultado usuários do mSQL que decidissem mudar para o novo servidor da TcX, teriam apenas que fazer pequenas e simples mudanças nos códigos existentes.
Então foi me maio de 1995 que, definitivamente, a primeira versão do MySQL foi lançada. Um dos parceiros da TcX sugeriu a distribuição do servidor na Internet, o objetivo disso era a utilização de um modelo pioneiro desenvolvido por Aladdin Peter Deutsch. O resultado foi um maior flexibilidade em sem "copyright", que fez do MySQL mais difundido gratuitamente do que mSQL.
O MySQL hoje